W tym czasie w Czechach panował król Wacław IV Luksemburczyk, znany z niemoralnego postępowania i wielkiej niechęci do Stolicy Apostolskiej. W osobie króla ksiądz Jan Hus znajdzie swojego potężnego protektora. Król Wacław okazywał wielką niechęć, nawet nienawiść wobec gorliwego arcybiskupa Jana. Chcąc umniejszyć władzę arcybiskupa król postanowił z części archidiecezji praskiej utworzyć nowe biskupstwo i swojego kandydata na tę diecezję umieścić w klasztorze benedyktyńskim w Kladruby. Jednakże do tego nie doszło, gdyż zakonnicy, dowiedziawszy się o zamiarze króla, szybko wybrali w miejsce zmarłego opata Rocka nowego opata, Odilona.
   Wikariusz generalny, ksiądz Jan, stanął w obronie swojego arcybiskupa. Ksiądz kanonik Jan rzucił też klątwę na wicekanclerza królewskiego, ponieważ ten wypowiadał publicznie bluźnierstwa i wyszydzał wiarę katolicką. Król Wacław początkowo w przypływie gniewu chciał aresztować arcybiskupa Jana i całą kapitułę. Odstąpił jednakże od tego zamiaru i podstępnie zaproponował arcybiskupowi zgodę i pokój. W tym też celu monarcha zaprosił na swój dwór arcybiskupa i kapitułę. Gdy ci przybyli, kazał aresztować księdza Jana, prałata Mikołaja Pruchnika i prałata Wacława Knoblocha. Pod wieczór król kazał wypuścić prałata Knoblocha, natomiast księży Jana i Mikołaja poddał torturom. Księdza Mikołaja wypuszczono, nakazując mu złożyć przysięgę, że nikomu nie powie o tym, co go spotkało.
   Król Wacław nie mogąc zemścić się na arcybiskupie, całą swoją nienawiść skierował na osobę Jana Nepomucena. Sam był świadkiem okrutnych tortur zadawanych wikariuszowi generalnemu. Po licznych torturach, ledwie żywego męczennika, wrzucono 20 marca 1393 roku do rzeki Wełtawy. Ciało męczennika odnaleziono 17 kwietnia 1393 roku.